Thế giới của Code Geass được phân chia làm ba quốc gia – đó là ba siêu cường quốc hùng mạnh, gồm có: Đế quốc Thần thánh Britannia (khu vực màu xanh dương), Liên bang Trung Hoa (khu vực màu đỏ), và Liên minh châu Âu (khu vực màu vàng). Ngoài ra còn có Australia (khu vực màu trắng) là một quốc gia độc lập, không tham gia vào bất kì hoạt động chính trị quốc tế nào.

Câu chuyện diễn ra ngay sau khi Đế quốc Britannia xâm lược Nhật Bản vào ngày 10 tháng 8 năm 2010 a.t.b. (1955 A.D.), nhờ vào thứ vũ khí chiến đấu dạng người tên gọi "Autonomous Armored Knight" hay "Knightmare Frames" siêu việt của Britannia, Nhật Bản nhanh chóng thất thủ. Độc lập, chủ quyền, tên nước, tất cả đều bị tước đoạt. Nhật Bản được đánh số, trở thành Khu vực 11, và người dân Nhật phải mang cái tên Eleven (Người của khu vực 11). Người "Eleven" bị xem thường và đối xử tệ hại, họ buộc phải sống trong những khu ổ chuột, chui rúc trong những hang cùng ngõ hẻm tối tăm hoặc ở những nơi đổ nát tàn dư của chiến tranh trong khi những người dân Britannia lại được sống trong những căn hộ rộng lớn và sang trọng. Mâu thuẫn nảy sinh, những phần tử người phản loạn dần dần tập họp, phân chia thành nhiều thế lực khác nhau để đấu tranh chống lại đế quốc, đòi quyền tự do, độc lập và bình đẳng. Đây đó trên đất nước vẫn còn những nhóm kháng chiến, nhưng tất cả đều lép vế trước sức mạnh quân sự của Đế quốc Britannia.

Sau khi Hoàng đế Charles zi Britannia, cha của Lelouch phớt lờ việc truy tìm kẻ đã giết mẹ mình là Marianne vi Britannia và làm tàn phế đứa em gái Nunnally Lamperouge của cậu, Lelouch thề rằng sẽ tiêu diệt Britannia. Cũng vì mẹ bị ám sát, em gái cũng vì chuyện này mà bi liệt và bị mù. Do không còn giá trị để lợi dụng trên chính trường, cậu cùng em gái bị cha gửi đến Khu vực 11 làm con tin. Lelouch cực kì căm hận cha mình vì đã gây ra đau khổ cho em gái Nunnally. Vì vậy, cậu đã thề với người bạn thuở nhỏ là Suzaku Kururugi rằng một ngày nào đó mình sẽ quyết tâm tiêu diệt Britannia, tạo dựng một thế giới tốt đẹp hơn cho Nunnally. Bảy năm sau vào năm 2017, ở "khu vực 11", Lelouch (lúc này là một học sinh của trường Britannia) trên đường về bất ngờ bị cuốn vào một cuộc rượt đuổi giữa binh lính Britanian và một nhóm khủng bố và cậu bắt gặp một cô gái bí ẩn bị nhốt trong "quả bom" mà phe phản động đã đánh cắp từ Britannia vì nghĩ rằng đó là vũ khí sinh học. Nhóm khủng bố đã kịp thời chạy trốn vào khu ổ chuột dành cho người Eleven, vì thế quân đội Britannia đã tiến hành tàn sát khu ổ chuột để bắt nhóm khủng bố xuất đầu lộ diện. Trong cơn loạn lạc, Lelouch được cô gái vưa thức tỉnh với tên gọi là C.C. (C2) trong tình thế nguy hiểm đã đề nghị một "thỏa hiệp" với Lelouch, nếu Lelouch chấp nhận thỏa hiệp đó thì cô ta sẽ giúp cậu sống sót. Lelouch chấp nhận "thỏa hiệp" và cậu có được sức mạnh của "Geass" (ギアス, giasu?) ở con mắt bên trái, một năng lực còn gọi là "Sức mạnh Đế vương" (王の力, Ō no Chikara?) khiến cho ai ai cũng phải nghe theo mệnh lệnh mà cậu ban ra. Lelouch bèn tập hợp một nhóm người chống đối Britannia, thành lập Hội Hắc Hiệp Sĩ, tự xưng là Liên minh công lý. Cậu phải mang mặt nạ che giấu thân phận và tự xưng mình là "Zero". Kể từ đây, Lelouch bắt đầu dùng Geass để khởi động kế hoạch tiêu diệt đất nước mà cha mình đang trị vì.